Coonecta RT fue creada el 06 de noviembre 2006, por 12 cooperativas de ahorro y crédito y WOCCU (Word Council of Credit Unions) para cubrir las necesidades de servicios transaccionales en el sector financiero cooperativo y posteriormente la apertura al mercado de microfinanzas. La empresa nace con un capital social de USD$ 62 mil dólares de los Estados Unidos de Norteamérica que la ha permitido iniciar sus operaciones y generar rentabilidad para invertir y evolucionar su infraestructura tecnológica central en los años 2007, 2009, 2013, 2015 pensando siempre en la vanguardia tecnológica de sus servicios.

Al año 2008, la empresa contaba con un portafolio de clientes de 20 instituciones financieras llegando a superar los 75 clientes al año 2024.
Coonecta RT ha venido evolucionado la forma en la que se procesan los medios de pago digitales en servicios como: a) interconexión de cajeros automáticos, b) remesas, c) retiros, consultas y compras con tarjeta de débito, d) esquemas de pago por billetera móvil, e) recaudaciones y pagos de terceros. La trayectoria de Coonecta RT la ha posicionado como la red #1 de procesamiento de pagos en el mercado financiero popular y solidario del Ecuador.